<p>Universitas Musamus (UNMUS) awal berdirinya dengan nama Sekolah Tinggi Teknologi Merauke (STTM) diselenggarakan berdasarkan pendidirian Yayasan Pendidikan Anim Ha Merauke dengan Akta Notaris Nomor 12 tahun 2001 tanggal 26 Januari 2001. STTM didirikan dengan Keputusan Mendiknas RI Nomor 187/D/O/2001 tanggal 26 September 2001. Program studi yang diselenggarakan saat itu adalah Teknik Sipil Program D-3, Teknik Mesin Program D-3, Teknik Elektro Program D-3, dan Teknik Informatika Program D-3; </p> <p>Pada tanggal 20-21 Februari 2009, Tim Penegerian Ditjen Dikti melakukan visitasi asset dan sumber daya manusia di Universitas Musamus Merauke. Akhirnya pada hari Sabtu tanggal 23 Mei 2009 bertempat di Tanah Anim Ha Merauke Papua Selatan diselenggarakannya Acara Serah Terima Aset Sarana dan Prasarana serta Sumber Daya Manusia Dalam Rangka Penegerian Universitas Musamus Merauke dari Pemerintah Daerah Kabupaten Merauke dan Yayasan Pendidikan Anim Ha kepada Departemen Pendidikan Nasional dalam hal ini yang dikuasakan kepada Dirjen Pendidikan Tinggi;</p> <p>Penyerahan aset, belum disertai dengan peresmian penegerian Universitas Musamus, sehingga perlu penantian waktu untuk peresmian penegerian selama 18 (delapan belas) bulan. Akhirnya pada tanggal 19 November 2010, Presiden RI menandatangani Peraturan Presiden Nomor: 65 Tahun 2010 tentang Pendirian Universitas Bangka Belitung, Universitas Borneo Tarakan, dan Universitas Musamus.</p> <p>Tanggal 22 Nopember 2010 bertempat di Auditorium Universitas Cenderawasih Jayapura, Presiden Republik Indonesia Bapak DR. H. Soesilo Bambang Yudhoyono meresmikan Universitas Musamus (UNMUS) menjadi Perguruan Tinggi Pemerintah ditandai dengan penandatangan Prasasti. Tanggal 3 Juni 2011, Peletakan Prasasti UNMUS, Pembukaan Selubung Papan Nama UNMUS, dan Peresmian Hotspot Area FKIP oleh Bapak Menteri Pendidikan Nasional Prof. DR. Ir. KH. Muhammad Nuh, DEA. Saat ini UNMUS memiliki 6 Fakultas yakni, Fakultas Teknik, Fakultas Pertanian, Fakultas Ekonomi dan Bisnis, FKIP, FISIP, dan Fakultas Hukum.</p>